おもに魚病学分野で用いられている用語で、S.F.スニエツコ(アメリカ)によって提唱された偏性病原菌に対する用語である。通性病原菌ともいい、通常は環境水中や腸内に広く生息(常在)しているが、環境水の悪化や魚の過密養殖による負傷あるいは過剰投餌による栄養障害などが原因して、魚の健康状態に障害がおき、抵抗力が衰えた場合、魚体へ感染して発病させる細菌を条件性病原菌いう。
これに対して、一般環境にはみられず、保菌した魚や卵、感染･発病した魚やそれらがいる環境にのみに存在して、感染･発病させる細菌を偏性病原菌または絶対病原菌という。
魚類の条件性病原菌としてはビブリオ病菌、シュードモナス病菌、鰭(ひれ)赤病菌、カラムナリス病菌、パラコロ病菌、連鎖球菌などがある。また、魚類の偏性病原菌と考えられるものには、せっそう病菌、潰瘍性せっそう病菌、赤点病菌、細菌性腎臓病菌、類結節症菌、ノカルジア症菌などがある。しかし、偏性病原菌とされているせっそう病菌をはじめ数種の病原菌も菌数が少ない場合には、発病しないこともあり、環境要因によって大きく左右されるので、これらを明確に区別することは困難であるといわれる。
なお、医学分野で用いられる日和見感染菌は通常、動物の消化管、口腔粘膜、皮膚などに常在して、ときに発病させることから、魚病学分野で用いられる条件性病原菌と類似してはいるが、後者では常在性が確認されていない細菌もあるので、一概に同一視することはできない。