原虫(原生動物)の1群で、従来の肉質虫類と鞭毛虫類を肉質鞭毛虫類として統一された。約18,400種があるが、ヒト、家畜、魚の重要な寄生原虫として知られているものが多い。鞭毛または仮足で運動するが、両者を併せてもつものや転換するものもある。ヒトのトリパノゾーマ、膣トリコモナス、赤痢アメーバや魚類のイクチオボド症原虫、クリプトビア症原虫、ヘキサミタ症原虫はいずれも肉質鞭毛虫類である。