魚類に感染または寄生して病気をおこす原虫で魚病原虫ともいう。また、それらの病気を原虫性魚病または魚類の原虫感染症という。現在、おもな魚類の病原原虫は35種以上が知られ、各種の淡水性、海水性魚類に寄生する動物性鞭毛虫類に属するイクチオボド症原虫、クリプトビア症原虫、ヘキサミタ症原虫、微胞子虫類に属するグルゲア症原虫、武田微胞子虫、プレイストホラ原虫、ミクソゾア類(粘液胞子虫類)に属する側弯症粘液胞子虫、腎肥大症原虫、腸テロハネルス症原虫、クドア症原虫、繊毛虫類に属する白点病原虫、キロドネラ症原虫、ブルックリネラ症原虫、トリコジナ症原虫、植物性鞭毛虫類(渦鞭毛藻類)に属するアミルウージニウム症鞭毛虫(鞭毛藻)などが知られている。