広い意味では高等動植物以外の全ての下等生物群を指すが、一般に狭い意味で、細菌や藍藻(藍菌)が属するモネラ界(Monera)とウイルスを除いた真核細胞性の微生物群を指す。全ての生物を区分することは早くから試みられていたが、最初、E.H.ヘッケル(ドイツ)によって動物界と植物界に対する区分として提唱され、単細胞生物を原生生物界とし、細菌もモネラ亜界としてこれに含めた。その後、H.F.コペランドは動物界、植物界、原生生物界とモネラ界の4界にまとめた。また、R.H.ホイッタカー(アメリカ)によって、新たに菌類界を対等的に独立させた5界説を提唱した。さらに、これらの考え方を改めた説がいくつか提唱(L.マルグリスら；アメリカ)されたが、これらの区分はそれぞれに難点があり現在でも定説がない。したがって、真核生物の単細胞生物群を一つにまとめた生物界とする説にしたがうと、原虫(原生動物)、単細胞性藻類、真菌、粘菌(変形菌)が原生生物界となる。この原生生物界と原核生物界(モネラ界)の大分類を簡潔にまとめると次のようになる。