悪性腫瘍(ガン)、血液疾患、代謝不全、その他の種々の薬剤投与などによって生体防御の仕組みが低下した場合、常在している微生物によって二次的な感染がおきることがある。このような感染を日和見感染といい、その疾患を日和見感染症という。この感染は感染体よりむしろ宿主側に多くの要因があり、複数の微生物の感染による場合が多く、病原体として特定しにくいことが特徴である。
このような感染をおこす細菌には大腸菌、肺炎桿菌、エンテロバクター、セラチア、プロテウス、ヘモフィルス、シュードモナス、表皮ブドウ球菌、バクテロイデスなどがある。また、真菌にはカンディダ、アスペルギルス、ノカルジア、クリプトコッカス、原虫ではトキソプラズマなど、ウイルスではヘルペスウイルスや肝炎ウイルスなどがあり、近年、問題視されるようになった。