細胞性生物の運動器官の一つで、細長い毛状または繊維状の細胞付着物をいう。真核生物の原生生物界に属する原虫、単細胞藻類、真菌とくに卵菌、粘菌(変形菌)などの配偶子または遊走子の鞭毛(繊毛)と原核生物の細菌の鞭毛とは、その成分や構造が本質的に違っている。いずれも細胞質膜から伸び、タンパク質から成るが、真核生物では長く小数の場合に鞭毛、短く多数の場合に繊毛とよばれるようになった。真核生物の鞭毛はチューブリンから成り、微小な繊維状の管が集合した糸状で、繊毛の基本構造も同じである。
一方、細菌の鞭毛はフラジェリンの分子がらせん状に配列した円筒状をしている。細菌の鞭毛タンパク質はH抗原として、細菌の血清型による分類に重要である。H抗原という名称はプロテウスの正常株が鞭毛運動によって、息がかかったような集落をつくるが、その状態のドイツ語(Hauchbildung)に由来する。(菌体表面抗原であるO抗原はプロテウスの変異株の集落がこのような状態ではないので、ohne Hauchbildungからつけられた)